Aus der jüngeren Steinzeit (3000 bis 1700 v. Chr.) stammen Exemplare von sauber geschliffenen Steinbeilen und Dolchen aus Feuerstein, die im Gebiet des heutigen Friedhofs gefunden wurden. In dieser Zeit haben sich Bönningstedts Ureinwohner schon als geschickte Töpfer erwiesen. Scherben eines 46,5 cm hohen Tongefäßes sind von Experten sorgfältig wieder zusammengefügt worden. Es ist im Altonaer Museum zu besichtigen. Im Ortsteil Rugenbergen fand man gut erhaltene steinerne Mahlmulden und Reibesteine.

Altertumsforscher halten Orte, die auf -stede (stedt) enden, für dörfliche Ansiedlungen einheimischer Sachsen. Die erste bekannte urkundliche Erwähnung fand der Ortsteil Winzeldorf im Jahre 1369, als der Graf von Holstein, Otto von Schauenburg, dem Kapitel der Hamburger Kirche eine jährliche Rente von zehn Mark aus den Dörfern Quickborne (Quickborn) und Winceldorp (Winzeldorf) aussetzte. 

Winzeldorf und Bönningstedt wurden 1942 zwangsweise zu Bönningstedt zusammengelegt. Ein Gedenkstein an der Ellerbeker Straße am Rand des Waldes beim Alten Amtsgebäude erinnert daran. Der von den politischen Parteien in Bönningstedt unternommene Versuch, eine Großgemeinde zu bilden mit den anderen beiden Gemeinden im ehemaligen Amtsbereich Bönningstedt, Hasloh und Ellerbek, ist 1976 gescheitert.

Seit 1984 ist Bönningstedt mit der englischen Stadt Seaford in East Sussex verschwistert, seit 1991 mit der damals noch selbstständigen griechischen Gemeinde Rachoni auf der Insel Thassos und mit der Stadt Crivitz in Mecklenburg-Vorpommern.

Chronik-Tabelle

• 1369: Erste urkundliche Erwähnung Winzeldorfs als Winceldorp, später auch Winseldorf oder Winseldorff
• 1700: Erste Anfänge unseres Schullebens
• 1832: Bau der ersten Kunststraße mit fester Steinunterlage von Altona nach Kiel. Aufstellung von Meilensteinen an ihrer Westseite mit den Initialen des damaligen dänischen Königs Frederik VI.
• 1884: Die erste Eisenbahn fährt auf dem Gleis direkt auf der Ostseite der damaligen Kieler Chaussee durch Bönningstedt
• 1912: Bahnlinie wird in die Feldmark verlegt und der neue Bahnhof eingeweiht
• 1912: Erster elektrischer Strom in Bönningstedt
• 1880-1920: Aus dem Eisteich wird Eis gewonnen und in großen Schuppen bis zum Sommer gelagert
• 1929-1934: Der ehemalige Eisteich ist Badeanstalt
• 1942: Zwangs-Zusammenschluss der beiden selbstständigen Gemeinden Bönningstedt und Winzeldorf
• 1958: Gründung der evangelischen Kirchengemeinde Bönningstedt und Einweihung des Gemeindehauses
• 1970: 600-Jahr-Feier in Bönningstedt
• 1975-2015: Eigenständige Volkshochschule Bönningstedt (VHS)
• 1980: Einweihung des Sport- und Freizeitzentrums an der Ellerbeker Straße
• 1983: Bönningstedt bekommt sein Wappen
• 1984: Verschwisterung mit der englischen Partnerstadt Seaford in East Sussex
• 1987: Einweihung des Bönningstedter Marktes als Ortszentrum
• 1991: Verschwisterung mit Crivitz in Mecklenburg-Vorpommern und mit Rachoni / Insel Thassos, Griechenland
• 1994: Einweihung des neuen Feuerwehrgerätehauses und des neuen Bauhofes
• 1995: Konkurs der Großbäckerei Rugenbergener Mühle
• 1997: Einweihung des Glockenturms der Kirche
• 2000: Die evangelische Kirchengemeinde heißt nun Ev.-Luth. Simon-Petrus-Kirchengemeinde, auch deren Kindergarten wird umbenannt. Eine Elterninitiative für mehr Kindergartenplätze gründet die Zwergenhütte e. V.
• 2001: Das Kulturzentrum bei der Grundschule entsteht
• 2002: Einweihung der SVR-Sporthalle
• 2003: Die Grundschule erhält einen Anbau mit vier Klassenräumen, einer Aula und neuen Sanitärräumen
• 2004: Das Alte Rektorhaus wird vom Heimatverein Bönningstedt als Heimatmuseum eingerichtet
• 2007: Die Offene Ganztagsgrundschule startet
• 2008: Die AKN-Bahnlinie wird zweigleisig. Das neue Amt Pinnau nimmt für die Gemeinden Bönningstedt, Borstel-Hohenraden, Ellerbek, Hasloh, Kummerfeld, Prisdorf und Tangstedt die Arbeit auf.
• 2009: Die Bönningstedter Realschule mit Hauptschulteil wird die Gemeinschaftsschule Rugenbergen
• 2013: Nach Ausamtung wird Bönningstedt amtsfreie Gemeinde und wird von der Stadt Quickborn verwaltet